Somente poderá ser cancelada uma NF-e cujo uso tenha sido previamente autorizado pelo Fisco (protocolo “Autorização de Uso”) e desde que não tenha ainda ocorrido o fato gerador, ou seja, em regra, ainda não tenha ocorrido a saída da mercadoria do estabelecimento. O prazo máximo para cancelamento de uma NF-e no Estado de São Paulo é de 24 horas a partir da autorização de uso.

Para proceder ao cancelamento, o emitente deverá fazer um pedido específico gerando um arquivo XML para isso. Da mesma forma que a emissão de uma NF-e de circulação de mercadorias, o pedido de cancelamento também deverá ser autorizado pela SEFAZ.

Após o prazo regulamentar de 24 horas da autorização de uso da NF-e, os Pedidos de Cancelamento de NF-e transmitidos à Secretaria da Fazenda serão recebidos via sistema até 480 horas da Autorização de Uso da NF-e, porém neste segundo caso o emitente fica sujeito à penalidade prevista no item z1 do Inciso IV do artigo 527 do Regulamento do ICMS:

Artigo 527. O descumprimento da obrigação principal ou das obrigações acessórias, instituídas do imposto sobre circulação de Mercadorias e sobre Prestações de Serviços, fica sujeito às seguintes penalidades:
(…) omissis.
IV – Infrações relativas a documentos fiscais e impressos fiscais:
(…) omissis.
Z1 – falta de solicitação de cancelamento de documento fiscal eletrônico, quando exigido pela legislação, ou solicitação de cancelamento desses documentos após transcurso do prazo regulamentar – multa equivalente a 10% do valor da operação ou prestação constante do documento, nunca inferior a 15 UFESP, por documento ou impresso; no caso de solicitação após transcurso do prazo regulamentar, multa equivalente a 1% (um por cento) do valor da operação ou prestação constante do documento, nunca inferior a 6 UFESP, por documento ou impresso.

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